progenes ([info]progenes) wrote,

Может ли биолог починить радио. Часть 3. Заключительная.

В сентябре 2002 года в журнале Cancer Cell вышла потрясающая нетривиальная статья авторства Yuri Lazebnik с интригующим названием Can a biologist fix a radio?
Вместо канонических картинок с малопонятными для непосвященных результатов, статья проиллюстрирована разобраным транзисторным приемником отечественного производства марки Океан. Предлагается рассмотреть, что будут делать биологи, чтобы найти поломку в приборе и оценить шансы, удасться ли им это сделать. Таким неординорным способом проливается свет на современные подходы в изучении клеточных процессов. Лучшей статьи на эту тему, которая написана живо, просто и весело, я не встречала.



Я не буду ударяться в лишние объяснения, просто дам пару

"С чего мы начнём? Сначала мы заручимся финансовой поддержкой, чтобы купить большое количество одинаковых работающих приёмников и сравнить их с тем, который сломан. После нескольких попыток мы научимся вскрывать приёмники и найдем там объекты разной формы, размера и цвета (рис. 2). Мы опишем и классифицируем их в семейства на основе их внешнего вида. Мы опишем семейство металлических прямоугольных объектов, семейство ярких круглых объектов с двумя ножками, семейство цилиндрических объектов с тремя ножками и так далее. Так как объекты окрашены в разные цвета, мы будем изучать влияние смены цвета на качество звука. Хотя перекраска объектов будет иметь слабый эффект (музыка слышна, но тренированное ухо некоторых исследователей заметит некоторые искажения), этот подход произведет много публикаций и приведет к оживленным дискуссиям.

Более успешным подходом станет экстрагирование компонентов приёмника, либо выборочно по одному, либо расстреливая работающие приёмники с близкого расстояния дробью. В последнем случае, расстрелянные приёмники, которые прекратили работать (приёмники с фенотипом), используются, чтобы опознать компонент, разрушение которого привело к фенотипу.

Хотя удаление некоторых компонентов будет иметь минимальный эффект, удачливый молодой исследователь случайно найдет проводок, чье отсутствие приведёт к полному прекращению музыки. Торжествующий исследователь назовет этот проводок Случайно Открытый Компонент (СОК) и затем выяснит, что СОК необходим как связь между длинным выдвигаемым объектом и остальными частями приёмника. Этот объект будет конечно назван Самый Важный Компонент (СВК). Ряд работ установит, что СВК должен быть сделан из металла и что качество звука прямо пропорционально длине СВК, что даст эволюционное обяснение тому, что СВК может выдвигаться.

Радость, вызванная этим открытием, однако, будет прервана настойчивым аспирантом из другой лаборатории, который найдёт ещё один объект, который необходим для работы приемника. К радости открывателя, и к недоумению видных ученых, успешно изучающих СВК, новый объект будет сделан из графита и его длина не будет значительно влиять на качество звука. Более того, аспирант докажет, что СВК не нужен для работы приёмника и, соответственно, назовёт открытый им предмет Действительно Важный Компонент (ДВК). Горячие дискуссии о том, что важнее, СВК или ДВК, будут дополнительно подогреты наблюдением, что одни прёмники требуют СВК, тогда как другие, с виду идентичные, ДВК. Борьба двух школ, поклонников СВК и приверженцев ДВК, будет продолжаться, пока один умный молодой человек не откроет переключатель, чьё положение определяет, какой компонент приёмник использует, СВК или ДВК. Естественно, что переключатель будет назван Безусловно Самый Важный Компонент (БСВК). "

Оригинал статьи вы можете найти здесь, а также перевод на русский язык. Я гарантирую вам кучу удовольствия при чтении за чашкой кофе.
Tags: coffee break, systems biology

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 24 comments

[info]fordp

August 17 2007, 10:31:18 UTC 4 years ago

афтору зачьод

[info]progenes

August 17 2007, 10:47:03 UTC 4 years ago

от сразу видно, шо чєлвєк разбираєцця

[info]bonome

August 17 2007, 10:56:31 UTC 4 years ago

Хоть и не разбираюся, но мне понравилось. Да.

[info]progenes

August 17 2007, 13:27:15 UTC 4 years ago

Да что там говорить! Статья просто великолепная!

[info]iozhikov

August 17 2007, 11:32:49 UTC 4 years ago

Спочатку здалося, що стаття давня. Здивувало, що тільки 2002 року. Про необхідність моделювання в біології, відповідних підходів, мов, стандартів, - говориться вже давно, принаймні з часу появи перших моделей (навіть не стільки від Берталанфі). Проблема в тому, що моделювання має бути тотальним і колективним, або принаймні стандартизованим (в якомусь розумінні; причому не в розумінні чистої математики). Справді була купа пропозицій. Невже так і не просунулося за ті кілька років, коли я не цікавлюсь активно? Мабуть, розуміння принаймні з'явилося, раз такі статті в чисто біологічних журналах друкуються. Хоча стаття спрощена; ясно що є принципова різниця між приймачем і організмом (приймач _будується_, а організм _пізнається_). Але _модель_організму_ має будуватися за правилами побудови складних систем (якщо спрощено казати). Так як будується літак. Причому це все в величезному різнорідному колективі, з величезною успадкованою інформацією різних типів і різної достовірності і т.п.

[info]progenes

August 17 2007, 13:31:28 UTC 4 years ago

Насправді як видно зі статті, це ворота до системної біології, яка наразі набирає обертів. Але поки ще вихід грандіозних результатів не спостерігається. Проблема полягає якраз у тому, що біологи і інформатики розмовляють на двох інших мовах. І тільки-но почали готувати спеціалізованих біоінформатиків.

[info]0lenka

August 17 2007, 14:06:09 UTC 4 years ago

Особенно про расстреливание дробью понравилось. Сразу вспомнила месяцы, проведенные за попытками путем расстреливания дробью с близкого расстрояния получить приемник, работающий, например, в инфразвуковом диапазоне, но с той же громкостью :)))

[info]progenes

August 17 2007, 14:18:01 UTC 4 years ago

мне еще про обугленных тарджет, который пахнет горелой краской понравилось. Да и вообще, статья во всех отношениях веселая.

[info]kotyhoroshko

August 20 2007, 16:21:38 UTC 4 years ago

ням-ням-ням. і не помітив, як випив каву

[info]progenes

August 21 2007, 12:20:28 UTC 4 years ago

я знала, що ти оціниш!

Anonymous

May 7 2009, 14:22:22 UTC 3 years ago

Методд научного тыка.

Это хорошо, что биологов понесло в приёмники. Гораздо хуже было бы, ели их черт занёс в трансформаторную будку!... Описанный метод живо мне напоминает слесаря-сантехника, который обезвреживает неснимаемую мину. А почему бы мудрым биологам да не познакомиться с электронщиками? Может гуртом и быстрее разобралися во влиянии на биопроцессы в клетке в зависимости от силы, частоты и направленности эл. тока? А то шмандарахают бедных крыс током и удивляются, почему они нервные!

[info]xelectriquex

August 19 2009, 04:38:55 UTC 2 years ago

Наткнулся на ваш журнал. Очень позновательно.
А ведь дейстивтельно интересно - методы разные, а задачи довольно схожие. Для меня (как технаря) стало открытием то, что машина Тьюринга очень напоминает ДНК (единственное каждая ячейка "бит" у Тьюринга имеет два состояния, в ДНК же их - четыре). Принципы работы вирусов встраивающихся в ДНК так же очень похожи на старые компьютерные вирусы которые точно так же встраивались в код программ. Может в естественных экспериментах возможно применять и схожие методы?

[info]endarkened

September 1 2009, 13:47:03 UTC 2 years ago

это оч круто. в избранное.

[info]fregimus

September 1 2009, 20:31:54 UTC 2 years ago

Здорово, просто здорово. Я все вынашивал планы написать о том, можно ли понять, как работает компьютер. Серьезнее, чем эта статья, но не совсем серьезно. Теперь даже и не знаю — то ли она мне поможет, то ли, наоборот, уже не надо писать. Нет, отлично просто, спасибо!

[info]scorry

September 2 2009, 13:52:41 UTC 2 years ago

как радиоинженер, подтверждаю — статья написана здорово :-)

[info]stetson_hat

January 19 2010, 17:22:31 UTC 2 years ago

не знаю, куда написать автору, поэтому напишу здесь, чтобы не забыть.

Принципиальная философская разница между приёмником и живой системой: Приёмник был полностью спроектирован и сработан инженерами. Дайте его папуасам, и я на них посмотрю! Они даже не смогут понять значение "красного цилиндра". Но если дать живую систему Творцу (чисто гипотетически допустив его существование), уверен, что ему точно так же будет всё в ней понятно, как инженеру в радиоприёмнике. Поэтому статья исходит из неверного предположения о равенстве отношения биолога к живой системе и инженера к радиоприёмнику. А следовательно, выводы неверны, и статья бессмысленна.

[info]progenes

January 19 2010, 17:24:34 UTC 2 years ago

А какие именно выводы неверны?

[info]stetson_hat

January 19 2010, 19:28:16 UTC 2 years ago

Главный вывод автора в том, что если в биологии применить такой же формализованный язык, каким пользуется инженер, то всё сразу станет ясно. Лазебник приводит пример языка биологов: "не исключено, что баланс между проапоптозными и антиапоптозными bcl-2 белками участвует в контроле клеточной выживаемости и, в долговременной перспективе, может способствовать росту опухолей" - да, так и только так, ведь это заключение относится к неизвестной системе, основано на косвенных признаках и отражает лишь вероятность того, что это правда. Повторяю, биолог-учёный имеет дело с неизвестными системами, для изучения которых постоянно нужно изобретать новые методы, а инженер - с известной. Ну, а полезность формализованных подходов никто не отрицает, они и возникают по мере накопления знаний о неизвестных системах.
Вот Вы сравните радиоинженера с биоинженером, который спроектировал и построил искусственный вирус, в котором все гены и белки известны до последней буквы. Если он вдруг "испортится" (например, перестанет производить частицы) - всегда можно выяснить, что в нём "сломалось", и "починить".

[info]stetson_hat

January 19 2010, 19:35:50 UTC 2 years ago

Искусственный вирус полиомиелита был создан, кажется, в 2002 году, а Лазебник писал статью в 2005-м. Странно )

[info]romashka_polina

January 22 2011, 22:05:43 UTC 1 year ago



пиши еcчо

[info]leon_spb67

May 30 2011, 18:12:32 UTC 12 months ago

но интереснее всего, как этот приемник будет описывать психолог :)

[info]katy05katy05

November 30 2011, 08:41:41 UTC 5 months ago

))) Спасибо!

[info]konevin

May 2 2012, 15:11:13 UTC 3 weeks ago

Статья интересная,но на мой взгляд чистая развлекуха,коих сейчас легион,не знаю почему.
1.Существует принципиальная разница между неживым и живым.Шредингер точно отметил,что неживое-это ПОРЯДОК из ХАОСА,а живое это ПОРЯДОК из Порядка меньшего уровня сложности.Так например мы едим разрушая сходные системы и изменяемся.
2.Биологическая система растёт и саморазвивается по предначертанному пути но не в деталях,т е это постоянно меняющаяся система в другой системе окружающей среды.
Достаточно добавить,что каждый нейрон коих биллионы биллионов в кортексе является по сути компьютером,решающим ежесекундно тысячи задач по пропусканию или нет приходящих к нему электрохимических стимулов.

[info]xeningem

May 24 2012, 22:02:47 UTC 1 day ago Edited:  May 24 2012, 22:25:48 UTC

Ищите язык программирования? Python - наше всё, и вроде бы даже есть библиотеки для обработки данных биологических исследований.
Статья прекрасная, да.
Хотел спросить - Вам, как генетикам-биологам приходится прибегать к помощи программистов?
Create an Account
Forgot your login or password?
Facebook Twitter More login options
English • Español • Deutsch • Русский…