progenes


Понятно о непонятном


Previous Entry Share
Слово к новым читателям.
progenes
Я смотрю, постепенно журнал переходит в новое качество. Читателей в последнее время заметно прибавилось, чувствую, что надо внести некоторую ясность.
Я посмотрела критично на содержание своего журнала и обнаружила, что он чудесным образом покрывает большинство из 25-ти главных научных вопросов, которое человечество запланировало решить в ближайшие пол-века. Эти 25 вопросов из 125 сформулировало научное комьюнити в 2005 году к 125ти летнему юбилею Журнала Science. Итак, о что же это завопросы.Collapse )

Избранные статьи:
Правда про L-карнитин.
Правда про косметические препараты.
О ГМО vs. традиционная селекция.
Почему я ощущаю, что ты ощущаешь.
Об особенностях развития мозга от зачатия до подросткового возраста.
Почти все о фирмах, секвенирующих геном человека.
Все о биодизеле.
Все, что вы хотели знать про ушную серу, но стеснялись спросить.
Почему на бровях короткие волосы.
Про научные подходы в молекулярной биологии на пальцах.
Все, что вы хотели знать про жиры.
А также про жиры и атеросклероз.

Цикл про ГМО:
Часть 1. Вступление
Часть 2. Фирмы и фермеры
Часть 3. Нестабильная стабильность
Часть 4. Судьба ДНК в пищеварительном тракте и горизонтальный перенос генов
Часть 5. ГМО и прозрачность
И вообще, про ГМО я регулярно вещаю по тегу.
Еще несколько базовых историй про ГМО, которые не вошли в цикл.
ГМО и плазмиды.
ГМО и бабочка Монарх.

Важные сайты и статьи на тему допусков и законодательств касательно ГМО.
Guidance for risk assessment of food and feed from genetically modified plants (EFSA Panel on Genetically Modified Organisms) pdf
Approvals of GMOs in the European Union (Analysis • Global Comparison • Forward Projection • Impacts • Improvements) pdf
A decade of EU-funded GM research  (отчет исследований рисков ГМО за десятилетний период в Европе) pdf
Transgenic Plants for Food Security in the Context of Development (Study Week on Invitation of the Pontifical Academy of Sciences, Vatican City, May 15 – 19, 2009) pdf
The Impact of Genetically Engineered Crops on Farm Sustainability in the United States (отчет исследований рисков ГМО за десятилетний период в Америке) web
The monitoring report of the biotechnology adopted in the 2011/12 crop period in Brazilia pdf
GMO compass (сайт для информирования европейских потребителей о ГМО) web
GM Approval database ISAAA (the International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications)


Охотникам за научными блоговыми новостями вовсе не обязательно серфить по всему рунету. Игорь Топильский создал агрегатор научных блогов рунета http://cmass.ru/ . Сайт включен в http://scienceblogging.com/ (в самом низу, последний). Это тоже агрегатор научных блогов, но с приставкой мега - там идет лента вообщех научных блогов на планете на всех языках - проект главного редактора Research Blogging Дейва Мангера и Боры Живковича.

Русскоязычные научно-популярные журналы.
Элементы. ру
Мембрана. ру
STRF.ru
Биомолекула. ру
Троицкий вариант. Наука.

Другие естественно-научно-популярные и околомедицинские блоги ЖЖ:Read more...Collapse )

Потенциальным рекламодателям: этот бложик для размещения рекламы безнадежно бесперспективный. Предложения не рассматриваются и не принимаются.

Мой френд mc_publisher к мнению коего я прислушиваюсь, посоветовал почитать и зафрендить умных блоггеров-учёных.
Я художник Ёкабака, вот себя изобразил на картинке



Может, правда, нам стоит взаимозадружиться, что на это скажете?

Здравствуйте.
Я тут собирал материал для научной фантастики и с удивлением выяснил, что вопрос о том, зачем с эволюционной точки зрения нужны самцы еще не решен. Или мне неизвестно, что он решен. Основное, что удалось нарыть по этому вопросу это 4-я глава из книги Matt Ridley "The Red Queen" вот тут ее перевод notabenoid.com/book/19422/63793/ready .

Ну и пару статей нарыл вроде:

rspb.royalsocietypublishing.org/content/279/1734/1865
sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519396900892

И если по вопросу полового размножения есть более менее внятные теории en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_sexual_reproduction то с самцами все кажется совсем плохо))

Но я не специалист и поэтому хотел спросить, могли бы Вы прокомментировать эту тему в данном блоге или хотя бы посоветовать пару другую статей последнего времени, где об этом можно было бы почитать?

Спасибо за журнал, очень интересный.

работаю на стрф и давно тусю в ЖЖ, но к сожалению, ваш блог нашел только сейчас.
Приятно познакомиться. Алексей.

Приятно с Вами познакомиться. Я профессор офтальмолог. Сейчас все представители наук пишут о Хаосе, фракталах. Оказалось, что в основе всех явлений на Земле лежат законы Хаоса. Мы рассматриваем эти законы с точки зрения возникновения заболеваний. Почему при насморке исчезают боли в спине. Почему болит голова и проходит желудок. Почему анальгин лечит от головной боли, а в больших дозах вызывает язву желудка. Те же законы Хаоса у нас и в мышлении и в социальной жизни. Надеюсь на сотрудничество.

А почему при насморке исчезают боли в спине?

И про палитегу: Зеленым капут - првада что-ли или журналист преувеличивает? :)

Журналист не то, чтобы преувеличивает, просто не договаривает. Рейтинги зеленых действительно в подвале, но не только из-за одного веганского дня, хотя из-за него тоже. Зеленые еще решили налоги поднять. Ну и сейчас на них ушат помоев вылит по поводу педофильского лобби сто лет назад. Не успеют отмыться до выборов.

Вопрос 18 - ссылка не работает ((

Добрый день!
Меня зовут Таня, живу в Киеве. С удовольствием Вас читаю уже пару месяцев. Спасибо, очень интересно.
(Со мной можно не дружить, я не пишу, а только читаю)

Добрый день.
Я Козленко Александр, биолог из Киева, http://www.kozlenkoa.narod.ru/.
Один знакомый подкинул задачку, над которой я повозился некоторое время, и решил поделиться с профессионалом)). Есть два варианта условия этой задачи: http://znanija.com/task/3431958 и http://otvet.mail.ru/question/96686038, мало отличающиеся друг от друга.
Я лично считаю ее некорректной по длинному списку причин (во-первых и главных, GURT-технология не использовалась для перекрестно опыляемых растений), но автор, наверное, имеет свое представление о правильных ответах, опирающееся на формальную генетику, которые хотел бы увидеть.
Вариант с цитоплазматическим наследованием придется сразу отвергнуть, так как пыльцой ген ТЕР+ не передавался бы вообще и все обсуждения о проценте перелетевшей пыльцы были бы бессмысленны.
Рассуждаю. У трансгенных организмов аллель ТЕР+ есть, так как его туда вставили, а у растений исходного типа его нет. Аллеля ТЕР- нет вообще. Поэтому признак, обусловленный геном ТЕР+, должен сразу проявляться, т.е. однозначно вести себя как доминантный (хотя, конечно, тут ближе аналогия с истинно сцепленным с полом признаком у гетерогаметного пола). А раз так, то все носители хотя бы одной версии аллеля ТЕР+ стерильны. Но тогда вопрос 1Б ("Если в 2013 г. у Мигеля погибло 75% урожая") невозможен, если не считать невозможных версий посева купленных и своих семян разом.
По косвенным признакам я предполагаю, что автор исходит из рецессивности аллеля ТЕР+ и его действия только в гомозиготе (иначе не понятно, почему произошла эта история: "Компания N провела анализ ДНК на поле Родриго и выявила у части растений ген TER. На основании этого обоих фермеров пытались обвинить в нелицензионном воспроизводстве генетически-модифицированной кукурузы, и иск пришлось забрать из суд"), и все расчеты надо строить именно на этом предположении...
Что скажете?
Заранее большое спасибо)

Не задачка, а черти что.
>Рассуждаю. У трансгенных организмов аллель ТЕР+ есть, так как его туда вставили, а у растений исходного типа его нет. Аллеля ТЕР- нет вообще. Поэтому признак, обусловленный геном ТЕР+, должен сразу проявляться, т.е. однозначно вести себя как доминантный

Совершенно верно. Трансгенный признак всегда доминантный, поскольку парного аллеля у него нет.

>GURT-технология не использовалась для перекрестно опыляемых растений.

Тут вы не совсем правы. Во-первых, GURT-технология разработана преимущественно для злаковых.

Задачка смешная потому, что действительно автор исходит из моногенного наследоания рецессивного аллеля ТЕР+ и его действия только в гомозиготе.

На самом деле GURT-технология предусматривает встраивание двух-трех генов. Обычно их лелеят в родительских линиях, а потом скрещивают в гибридное потомство (иначе как эти стерильные линии размножать?). Есть вариант с тремя генами (помимо нужного хозяйственно полезного): собственно терминатор, (который "активируется" рекомбиназой), рекомбиназа, (которая репрессируется репрессором) и репрессор рекомбиназы, которая стоит под химически-индуцибельным промотором.

Если пыльца с этой байдой улетит на другое поле, то в следующем поколении будет расщепление по каждому из этих генов (по отдельности сам ген терминатора работать не будет). Судьба дальнейшего поколения зависит от перераспределения генов ТЕР (перманентно выкл), РЕК (вкл в момент запасания) и РЕП (активируется тетрациклином), а перераспределение зависит от того, на каких хромосомах и как далеко друг от дружки на одной хромосоме эта вся байда расположена, то есть от частоты рекомбинации.

Если в F1 у соседа на поле даже и будет обнаружен ген ТЕР (который перманентно выкл) от Монсанты, то все последующие поколения не будут стерильны до скончания века, если их не переопылять с растениями, у которых есть ген РЕК (вкл в момент запасания). Сам по себе ген РЕК тоже стерильности не вызывает.
А и если еще учесть третьего игрока - химически индуцированного репрессора, то надо будет уже смотреть, что там в поколении накомбинировалось.

Но и это еще не все. В условии задачи два взаимоисключающих условия." В 2013 году кукуруза выросла, но ближе к осени выяснилось, что зерна в початках не завязались" и "При этом зародыш семени погибает, но пыльца остается жизнеспособной. "
Зародыш у кукурузы - это только небольшая часть зерна. При использовании GURT технологии зерна нормально завязываются в початках, хоть зародыш и погибает. Просто они потом не прорастают (при условии, что все генетические компоненты имеются в наличии и активированы).




(Deleted comment)
Это в некотором роде бессмысленное занятие. Потому что fastq это текстовая последовательность сиквенсов. А .bam (бинарная версия от sam, что расшифровывается как Sequence alignment/map ) это текстовая последовательность предварительно сравненных между собой сиквенсов. Поэтому, чтобы получить .bam из fastq, надо взять какую-то программку, например вот эту http://samtools.sourceforge.net/ которая делает alignment, ипортировать в нее fastq, запустить алгоритм сравнивания и сохранить в формате .bam.


Спасибо большое за ваш журнал. Пришёл к вам от Маркова, кажется, по недавнему перепосту.

15. How Are Memories Stored and Retrieved? Как мозг хранит и "читает" воспоминания.
Эта ссылка почему-то не работает.
Может это временно, я потом ещё попробую.

Битый линк "кто из учёных ударился в шаманство" должен вести на http://progenes.livejournal.com/tag/новости%20мракобесия. Видимо жж поменял систему кодирования тэгов с момента публикации поста.

P.S. Спасибо вам за ваш блог.

предлагаю взаимную дружбу

очень надо взаимную? Расскажите о себе.

Если вдруг у Вас окажется немного свободного времени может Вы сможете мне помочь?
Суть вопроса.

Суть такая - между эмбрионом и матерью существует конфликт.
----------------------------------------
Предполагается, что геномный импринтинг развился из-за конфликта интересов между полами. У млекопитающих между самкой и ее детенышем во время внутриутробного развития складываются отчасти антагонистические отношения. Говоря упрощенно, эмбрион старается высосать из матери побольше соков, а мать старается сохранить силы и здоровье, чтобы в будущем иметь возможность родить и других детей. Самец в этом конфликте в общем случае — на стороне детеныша. Других детей самка еще неизвестно от кого родит, а этот — свой. Поэтому самцы отключают в своих сперматозоидах те гены, которые защищают мать от чрезмерных притязаний эмбриона, а матери, напротив, отключают в своих яйцеклетках те гены, которые могут эти притязания усилить. Действительно, большинство генов, подвергающихся родительскому импринтингу, так или иначе связаны с внутриутробным развитием, строением плаценты и т. п.

Например, человеческий зародыш получает и от отца, и от матери по одной копии гена IGF2, который кодирует белок, способствующий быстрому росту. В норме отцовская копия этого гена активна, а материнская отключена. В данном случае, как и во многих других, геномный импринтинг работает в точном соответствии с теорией. Мать, отключая в своих яйцеклетках ген IGF2, старается притормозить рост ребенка и тем самым облегчить себе жизнь во время беременности, родов и грудного вскармливания. Отец, снабжая ребенка активной копией гена, напротив, старается ускорить рост эмбриона вопреки «корыстным» интересам матери.
------------------------------------------

Источников по этому делу полно. Но возник такой вопрос. Если плод развивается как-то не так, то организм матери провоцирует выкидыш. Это логично. Зачем тратить кучу ресурсов, чтобы на выходе получить нежизнеспособного или мало-жизнеспособного ребенка? Лучше потом попробовать еще раз и еще лучше с другим здоровым мужиком. Очевидно, что по причине выделенной выше - мужские гены в эмбрионе должны выкидышу активно сопротивляться и пытаться его блокировать. Но что-то я не могу в гугл сколар статей на эту тему найти. Вероятно что-то не так делаю с поисковыми запросами. Может Вы подскажете?

В любом случае спасибо за Ваш блог.

«новости науки и техники, популяризация науки» в вашем списке уже всё.

Лучше добавьте очень хороший сайт «Антропогенез.ру» (представительство в ЖЖ — chieffff). Для «Элементы.ру» можете добавить трансляцию в ЖЖ: elementy_news.

Спасибо, добавлю. Они вообще большие молодцы, я их на фб читаю.

Замечательно пишете. Часто пользуюсь вашими постами в спорах по научным вопросам.

Советую в список включить.
http://botalex.livejournal.com/

Правда что в германии настолько все плохо?
http://www.childfreeplanet.com/forum/viewtopic.php?f=4&t=1056

Читаю с интересом, спасибо. Зафрендил.

Сколько можно молчать? Если нашим правителям всё мало власти, денег и народной любви, то при чём тут мы, рядовые хомяки?

скажіть, чи у вас раптом не з'явилося фейсбуку?)

Технический вопрос

Добрый вечер, Руслана!

Вы, как человек, имеющий свой Живой журнал и активно в нём пишущий, не подскажете ли, что следует делать, чтобы уничтожить в рамках Интернета вот эту падаль:
http://the-third-way.livejournal.com/ ?

Если не понимаете, то посмотрите на название того журнала.

Добрый день! Очень благодарна редкции, обратившей внимние на ваш интереснейший блог. Спасибо за то, что вы делаете в журнале, хочу вас читать и добавляю в друзья. Удачи вам и прекрасного настроения!

Edited at 2014-12-16 10:50 am (UTC)

?

Log in