progenes (progenes) wrote,

Вы где? А я на море.

Пока вы тут в интернетах прохлаждаетесь, я сначала прошвырнулась по делам в Мюнхен, а затем сюда на горку с детьми покататься. Так что теперь, посвежевшая и отдохнувшая на четвереньках, с синяками и дрожащими коленями, но способная свернуть горы одной лыжной палкой, опять в эфире.

Тем временем из мутных вод поднялись на поверхность микроРНК. Вот док пишет, а тут Денис. Люди волнуются, как бы опять ГМО не приплели. Я сейчас отведу подозрения и переключу внимание. Смотрите, что там кроме пчел понаходили - микроРНК бактерий и грибов. Догадываетесь, куда клоню? Это ж паразиты! Плесень! Эти микроРНК вполне способны вдохнуть в антипаразитарное народное движение новую живительную силу.

Если серьезно, то статья в PlosONE взывает сильное разочарование. Я сейчас объясню .почему

Я не зря предсказывала, что сейчас туда ломанется народ. Это очень интересная тема, но при этом технически довольно простая. Надо образец ткани, выделить из нее микроРНК (это несложно, хоть и требует прилежания и аккуратности, но возможно даже студенту), отдать на прочитку (тоже несложно, это уже сервис за деньги) и прочитанные результаты собрать воедино и поанализировать с помощью головы биоинформатика. Это тоже не очень сложно.

Весь цимес должен заключаться в элегантности гипотезы и дизайне эксперимента. А что у нас на выходе в статье? Дизайна никакого нет. Есть 9 образцов плазмы крови, причем часть образцов от раковых пациентов. Вы спросите, причем тут рак? Я вам скажу почему. Потому что скорее всего искали маркерные раковые микроРНК. Но в процессе поиска уже при сложении паззла кучу нуклеотидных последовательностей выбрасывали как непонятные, подозрительные на техническую ошибку и просто неопределенные. На сей раз просто решили присмотреться повнимательнее и обнаружили там кучу бактериальных кусков. (Подумаешь, у нас вон геном зверобоя читают. Там столько генома кишечной полочки начитали, что пора скрытую камеру в туалете ставить). В общем, помудрили с фильтром так и сяк и решили, что это не загрязнение.

Я, кстати, верю, что не все техническое загрязнение, но доказательные методы в статье не совсем убедительные. Например, To eliminate the possibility of bacteria and fungi contamination during plasma preparation and handling, we generated sequencing libraries from other types of samples including human tissue (commercially obtained normal lung RNA), bovine milk (commercial whole milk), and mouse plasma (C57BL/6J), and proceeded through the same analysis scheme. Поверьте мне на слово, если взять 10 совершенно одинаковых образцов одной и той же ткани и одновременно выделять РНК одним и тем же методом, то все-равно почти наверняка одна проба будет пустая, в одной РНК повалится, а в одной не растворится. Немного преувеличиваю, но такое тоже случается. То есть можно и нужно перепроверять, но это вовсе не будет полностью eliminate the possibility of contamination, а всего лишь немного снижать такую вероятность.

Допустим, нашли какие-то конкрентные микроРНК и появилась гипотеза про коммуникацию микробиома с организмом. Очень замечательная гипотеза. Но надо ж проверить? Давай проверять экспрессию генов. Для этого взяли.. Нет, не организм, а клеточную культуру. Нет, не человека, а мышки. Нет, не нормальной, а мутированной по хитрому гену, который процессирует эти микроРНК. И проверили экспрессию 44 тыщ генов этой клеточной мышиной линии на микрочипе. Один раз. Без технических и биологических повторов. Поэтому в материалах и методах этот технический подход как бы описан, а результатов нет. Я многое уже видела, но в журнале такого уровня - впервые.

Но все ж, из 44 тыщ генов что-то там как-то не так экпрессировалось. Затем это (неизвестно, что) как бы перепроверили количественным ПЦРом 3 (три) гена (из 44 тыщ). Уже даже три повтора есть, при этом пишут, что независимый как бы повтор, но технический или биологический - умалчивают. Что за гены - непонятно. То есть я знаю, что за гены, но в контексте дискуссии это вообще никак не обсуждается. Даные представлены в виде логарифмированной разницы. То есть абсолютные замеры спрятаны так, что их уже не найти. Откровенно говоря, вообще непонятно, зачем было упоминать использование биочипа и зачем вообще был этот ПЦР.

Короче, если убрать лишние спекуляции, то выводы статьи такие - есть какие-то чужеродные микроРНК в человеческой плазме крови. Часть из них явно не загрязнение. На мышиной клеточной культуре какие-то гены меняют экспрессию в ответ на присутствие трех разных микроРНК. Все. То есть это побочная отрыжка от каких-то левых исследований без ощутимого познавательного эффекта.

Тем не менее, прекрасная идея лежит на поверхности, но требует немного воображения и старания. Известно, что наборы микрофлоры у людишек подчиняются каким-то конкретным правилам. Те, кто сахар жрет, у тех одни бактерии вроде Prevotella преобладают, а те, кто на белки налегает, у тех Bacteroides. Вот взять бы пациентов осмысленно, побольше, чтобы статистически убедительно. Покормить их подольше конкретной диетой. Пособирать у них кровь регулярно много раз. Посмотреть, как оно меняется в динамике и меняется ли вообще. Это было бы интересно.
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded  

  • 39 comments